دهه ۱۳۸۰
تیم سپاهان اولین دورهٔ لیگ برتر (
۸۱-۸۰) را با مربیگری
استانکو پوکلهپوویچ آغاز کرد. استانکو اولین مربی سپاهان در لیگ برتر و همچنین اولین مربی خارجی این تیم در این مسابقات محسوب میشود. این مربی پس از
زدراکو رایکوف٬ دومین مربی خارجی تاریخ سپاهان به حساب میآید.
این تیم در دومین دورهٔ لیگ حرفهای (
۸۲-۸۱) با مربیگری
فرهاد کاظمی در پنجاهمین سال تاسیس خود و به عنوان اولین تیم غیر تهرانی قهرمان لیگ برتر شد.
در سومین دورهٔ لیگ (
۸۳-۸۲) ششم، در چهارمین دوره (
۸۴-۸۳) مقام دهم، در پنجمین دوره (
۸۵-۸۴) مقام هفتم و در ششمین دوره (
۸۶-۸۵) مقام پنجم را کسب کرد. تیم سپاهان در هفتمین دورهٔ لیگ برتر (
۸۷-۸۶) با پشت سر گذاشتن مشکلات عدیدهای از جمله کسر امتیاز و اجرای حکم ۲ ماه بازیهای خارج از خانه و برگزاری فشرده بازیها در خارج از خانه، تا آخرین ثانیههای اتمام لیگ، قهرمان هفتمین دوره این بازیها بود که این عنوان را در دقیقه ۹۶ بازی با
پرسپولیس تهران با نتیجه ۲-۱ واگذار و به عنوان نایب قهرمان لیگ هفتم شناخته شد و در هشتمین دورهٔ لیگ برتر (
۸۸-۸۷) مقام چهارمی را کسب کرد.
سپاهان در نهمین دورهٔ لیگ حرفهای (
۸۹-۸۸)، با هدایت
امیر قلعهنویی با اقتدار و به طور زود هنگام به عنوان قهرمانی دست یافت. یک سال بعد و در دهمین دورهٔ لیگ برتر (
۹۰-۸۹) باز هم با مربیگری امیر قلعه نویی این بار هم تیم
سپاهان بود که توانست قهرمانی زودهنگامی را بدست آورد و اولین تیمی باشد که توانسته است دو بار متوالی قهرمان لیگ برتر ایران شود. علاوه بر جام قهرمانی دهمین دوره لیگ برتر، جام قهرمانی دائمی مسابقات لیگ برتر به دلیل ثبت رکورد سه قهرمانی در این مسابقات به سپاهان اهدا شد.
این قهرمانی که سومین قهرمانی
سپاهان در
لیگ برتر بود، این تیم را پرافتخارترین تیم لیگ برتر فوتبال ایران کرد.
این تیم در سالهای
۱۳۸۳،
۱۳۸۵ و
۱۳۸۶ با غلبه بر تیمهای
استقلال،
پرسپولیس و
صباباتری در فینال توانست قهرمان
جام حذفی شود که بدین ترتیب طی دهه اخیر٬ با ۶ قهرمانی پرافتخارترین تیم دهه ۸۰ فوتبال ایران به حساب میآید.